Миграция инструментария на Win-машине

WinSCP умеет брать настройки из win-реестра, либо из ini-файла. Мигрировать будем ini-файлом. Сначала находим кнопку экспорта.

 Затем экспортируем настройки в ini-файл

Полученный файл кладём в директорию программы и указываем ей откуда именно подтягивать настройки.

PuTTy свои настройки хранит в реестре в ветке-авторе программы.
Экспорт ключей:

 regedit /e "c:\putty-registry.reg" HKEY_CURRENT_USER\Software\Simontatham 

С импортом думаю проблем нет? ))